Biblioteca Batthyaneum din Alba Iulia a fost înfiinţată în 31 iulie 1798, din iniţiativa episcopului romano-catolic al Transilvaniei Batthyány Ignác (1741-1798). Alături de un observator astronomic, mai multe colecţii cu caracter muzeal, biblioteca constituia o parte a fundaţiei culturale de interes public creată de acesta cu denumirea de Institutum Batthyaniani/ Institutul lui Batthyani din Alba Iulia.


 
Institutul a fost amenajat în clădirea fostei Biserici trinitariene din Alba Iulia. Edificiul, construit în stil baroc între 1719-1738 a suferit modificări în cursul secolului al XVIII-lea impuse de destinaţiile succesive ale acestuia: biserică cu două turle (1719-1784), depozit apoi spital al armatei (1786-1792) şi observator astronomic şi bibliotecă (1792-1798).



Nucleul de astăzi al Biliotecii Batthyaneum, totodată fondul-tezaur al acesteia, îl constituie colecţia privată a episcopului Batthyány Ignác, formată din 18.000 de unităţi bibliografice, tipărituri şi manuscrise datate începând cu secolul al IX-lea. Ele au fost procurate prin achiziţiile efectuate în ultimele două decenii ale secolului al XVIII-lea. Cele mai importante sunt biblioteca arhiepiscopului Vienei, Cristoforo Migazzi, şi cea a Bisericii Sfântul Iacob din Levoča.

Donaţiile au constituit forma principală de îmbogăţire a fondurilor bibliotecii în cursul secolului al XIX-lea şi în prima jumătate a secolului al XX-lea. Observatorul astronomic a funcţionat numai până la Revoluţia din 1848, când a fost bombardat. Ulterior, a fost transformat în muzeu, destinaţie cu care a mai funcţionat vreme de un secol. Biblioteca a funcţionat neîntrerupt până astăzi, fiind administrată de episcopia romano-catolică din Alba Iulia până în 1953. În 1962, a devenit filială a Bibliotecii Centrale de Stat, actuala Bibliotecă Naţională a României.

Cea mai reprezentativă sală a bibliotecii, Aula Magna, păstrează amenajarea de la sfârşitul secolului al XVIII-lea şi începutul secolului al XIX-lea, în stilul austriac "Zopf", amestec de Neoclasicism şi Rococo, având aceeaşi structurare interioară a spaţiului în nava supraînălţată de o galerie, altar şi cor.
În 1912, s-au pus aici  bazele unui valoros muzeu de arheologie şi de artă sacră, care şi-a îmbogăţit colecţiile în perioada interbelică, perioadă din care datează şi denumirea de Batthyaneum. Valoarea Bibliotecii este dată şi de cele două arhive ale Transilvaniei, a Conventului de la Cluj-Mănăştur şi a Capitlului de la Alba Iulia.